Допустим, у вас есть строка, оканчивающаяся запятой:

String s = "апельсины, лимоны, мандарины,";

Чтобы удалить запятую в конце строки, воспользуйтесь следующим регулярным выражением:

String output = input.replaceAll(",$", "");
System.out.println(output);

Запятая в конце строки пропадёт:

апельсины, лимоны, мандарины

Для того, чтобы учитывать ещё и пробелы перед и после запятой, воспользуйтесь подходящим регулярным выражением из приведённой таблицы:

Входные данныеРегулярное выражение
"a,b,c,"",$"
"a, b, c, "", $"
"a , b , c , "" , $"
Всё вышеперечисленное"\\s*,\\s*$"

Полный код:

public static void main(String[] args) {
    String input = "апельсины, лимоны, мандарины, ";
    String output = input.replaceAll("\\s*,\\s*$", "");
    System.out.println(output);
}

Как удалить запятую в конце строки